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Bulletin of the Korean Chemical Society v.25 no.12, 2004년, pp.1845 - 1849   피인용횟수: 1
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Solution State Structure of pB1, the Mimotopic Peptide of Apolipoprotein B-100, by NMR

Lee, Sung-Ran    (Department of Applied Chemistry, Hanyang University   ); Kim, Dae-Sung    (Department of Applied Chemistry, Hanyang University   ); Kim, Hyo-Joon    (Department of Biochemistry and Molecular Biology, Hanyang University   ); Lee, Yong-Woo    (R&D Center, Samsung Engineering Co. Ltd.   ); Won, Ho-Shik    (Department of Applied Chemistry, Hanyang University  );
  • 초록

    Apolipoprotein B-100 (Apo-B100) is a major protein component for low density lipoproteins (LDL). A number of mimetic peptides of Apo-B100 were screened from the phase-displayed random peptide library by utilizing monoclonal antibody (B9). Mimetic peptide for B9 epitope against apo B-100 was CRNVPPIFNDVYWIAF (pB1). From the BLAST search, the mimetic peptide pB1 had 40% homology with apo B-100. As a result of the structural determination of this mimotope using homo/hetero nuclear 2D-NMR techniques and NMR-based distance geometry (DG)/molecular dynamic (MD) computations, DG structure had low penalty value of 0.3-0.6 ${\AA}^2$ and the total RMSD was 0.5-1.5 ${\AA} . Moreover, pB1 structure included a weak $3_{10}$ -helix from $Ile^7$,/TEX> to $Trp^{13}$ .


  • 주제어

    Apolipoprotein B-100 .   NMR spectroscopy .   Molecular dynamic computation.  

  • 참고문헌 (24)

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  • 이 논문을 인용한 문헌 (1)

    1. 2005. "" Bulletin of the Korean Chemical Society, 26(5): 845~848     

 저자의 다른 논문

  • Kim, Daesung (5)

    1. 2002 "An application of wavelet transform toward noisy NMR peak suppression" Journal of the Korean magnetic resonance society 6 (1): 12~19    
    2. 2003 "Large Solvent and Noise Peak Suppression by Combined SVD-Harr Wavelet Transform" Bulletin of the Korean Chemical Society 24 (7): 971~974    
    3. 2003 "NMR Solvent Peak Suppression by Piecewise Polynomial Truncated Singular Value Decomposition Methods" Bulletin of the Korean Chemical Society 24 (7): 967~970    
    4. 2004 "NMR Signal Assignments of the Stereochemical Cycloadducts of Bicyclolactone via Diels-Alder Reaction" Journal of the Korean magnetic resonance society 8 (1): 62~69    
    5. 2006 "NMR Studies of Zinc-binding Luteinizing Hormone Releasing Hormone" Journal of the Korean magnetic resonance society 10 (2): 163~174    
  • Won, Ho-Shik (27)

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