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Genomics & informatics v.5 no.4, 2007년, pp.194 - 195   피인용횟수: 1
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RGISS: Rice (Oryza sativa L. ssp. japonica) Genome Information Service System

Lee, Dae-Sang   (Department of Bioinformatics, Korea Bio Polytechnic  ); Seo, Hwa-Jung   (Department of Computer Engineering, Chungnam National UniversityUU0001302  ); Hahn, Jang-Ho   (National Institute of Agricultural Biotechnology, RDACC0131237  ); Kong, Eun-Bae   (Department of Computer Engineering, Chungnam National UniversityUU0001302  ); Park, Kie-Jung   (Information Technology Institute, SmallSoft Co. Ltd.  );
  • 초록

    We have constructed the Rice Genome Information Service System (RGISS), which is an information service system of the Oryza sativa L. ssp. japonica (rice) genome, using the released version of rice Build 3.0 pseudomolecules based on the Ensembl architecture. The nonredundant library, composed of 3,360 clones of BACs, PACs, and fosmids, was used to construct supercontigs. RGISS contains 50,717 annotated genes from GenBank, 56,161 predicted genes from FgeneSH, and information on 9,587 markers, which includes STS, SSR, and EST-based RFLP. The 20,180 ESTs sequenced by the Korea National Institute of Agricultural Biotechnology (NIAB) were aligned and mapped into 168,792 exons. By gene ontology analysis, the classified protein numbers in the rice genome were 6158, 4531, and 12,364 proteins, which were mapped to molecular function, cellular component, and biological process, respectively.


  • 주제어

    rice .   annotation .   Ensembl .   EST .   marker.  

  • 참고문헌 (6)

    1. Burge, C., and Karlin, S. (1997). Prediction of complete gene structures in human genomic DNA. J. Mol. Biol. 268, 78-94 
    2. Kikuchi, S. et al. (2003). Collection, mapping, and annotation of over 28,000 cDNA clones from japonica rice. Science. 301, 376-379 
    3. Sasaki, T. et al. (2002). The genome sequence and structure of rice chromosome 1. Nature 420, 312-316 
    4. Harris, M.A. et al. (2004). The Gene Ontology (GO) database and informatics resource. Nucleic Acids Res., 32, 258-261 
    5. Salamov, A., and Solovyev, V. (2000). Ab initio Gene Finding in Drosophila Genomic DNA. Genome Research 10, 516-522 
    6. Tae, H. et al. (2007). ChroView: a trace viewer for browsing and editing chromatogram file. Genomics & Informatics. 5, 30-31     
  • 이 논문을 인용한 문헌 (1)

    1. 2008. "" Genomics & informatics, 6(4): 227~230     

 저자의 다른 논문

  • 공은배 (9)

    1. 2000 "유전자 구조분석을 위한 계산학적 방법" 정보과학회지 = Communications of the Korean Institute of Information Scientists and Engineers 18 (8): 49~54    
    2. 2000 "하드웨어에 종속된 암호키 비밀 분할을 이용한 정보권한관리 시스템" 정보과학회논문지. Journal of KIISE. 시스템 및 이론 27 (3): 345~351    
    3. 2001 "SecuROS 에서 개발된 사용자 및 프로그램 인터페이스" 정보처리학회논문지. The KIPS transactions. Part C Part C c8 (5): 557~564    
    4. 2002 "A Method for Identifying Splice Sites and Translation Start Sites in Human Genomic Sequences" Journal of biochemistry and molecular biology = 한국생화학회지 35 (5): 513~517    
    5. 2003 "SecuROS/FreeBSD 기반 다단계 사용자 인증 시스템" 정보처리학회논문지. The KIPS transactions. Part C Part C c10 (1): 11~16    
    6. 2003 "의존성 반영 분해모델에 의한 유전자의 핵심 프로모터 영역 예측" 정보과학회논문지. Journal of KIISE. 소프트웨어 및 응용 30 (3): 379~387    
    7. 2003 "유전자 알고리즘을 이용한 프로모터 영역의 전사인자 결합부위 패턴 탐색" 정보과학회논문지. Journal of KIISE. 소프트웨어 및 응용 30 (5): 487~496    
    8. 2003 "RFID 스마트카드내 DNA STR Information과 일회용 의사난수를 사용한 다중 사용자 인증시스템" 정보처리학회논문지. The KIPS transactions. Part C Part C c10 (6): 747~754    

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