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SNPHarvester를 활용한 주요 유전자 상호작용 효과 감명
Identify Major Gene-Gene Interaction Effects Using SNPHarvester

이제영    (영남대학교 통계학과   ); 김동철    (영남대학교 통계학과  );
  • 초록

    광범위 유전자 연관(genome-wide association) 연구에서는 무수히 많은 유전자들 중에 인간의 질병에 관련된 유전자를 찾아왔다. 기존의 인간 질병에 관련된 유전자를 찾는 방법에서 이렇게 많은 유전자들 중에서 우수한 유전자를 찾는데 직접 이용할 시에는 계산이 복잡해지고 비용이 많이 들어가며 시간이 오래 걸린다는 단점이 생긴다. 따라서 이번 수많은 유전자들 중 주요 유전자 그룹을 찾는 방법으로 SNPHarvester가 개발되였다. 본 연구에서는 인간의 질병이 아닌 한우의 여러 경제형질에 관련된 우수 유전자를 SNPHarvester를 이용하여 17 개의 SNP들 중에서 우수한 유전자 그룹을 찾았고 의사결정나무(decision tree)를 이용하여 한우의 여러 경제형질을 높일 수 있는 SNP 그룹 내의 우수 유전자형도 함께 규명할 수 있었다.


    The gene which is related in the disease of the human has been searched among numerous genes in GWA(Genome-Wide Association) research. However, most current statistical methods used to detect gene-gene interactions in disease association studies cannot be easily applied to handle the whole genome association study(GWAS) due to heavy computing. Therefore SNPHarvester is developed to find the main gene group among numerous genes. This research finds the superior gene groups which are related with the economic traits of the Korean beef cattle, not that of human, among sets of SNPs by using SNPHarvester, and also finds the superior genotypes which can enhance various qualities of Korean beef among SNP groups.


  • 주제어

    광범위 유전자 연관 연구.  

  • 참고문헌 (13)

    1. Barendse, W., Bunch, R., Thomas M., Armitage, S., Baud, S. and Donaldson, N. (2004). The TG5 thyroglobulin gene test for a marbling quantitative trait loci evaluated in feedlot cattle, Australian Journal of Experimental Agriculture, 44, 669?674 
    2. Chung, Y.-J., Lee, S.-Y. and Park, T.-S. (2005). Multifactor dimensionality reduction in the presence of missing observations, Journal of Korea Statistical Society, Proceedings of the Autumn Conference, 31?36 
    3. Culverhouse, R., Klein, T. and Shannon, W. (2004). Detecting epistatic interactions contributing to quantitative traits, Genetic Epidemiology, 27, 141?152 
    4. Hahn, L. W., Ritchie, M. D. and Moore, J. H. (2003). Multifactor dimensionality reduction software for detecting gene-gene and gene-environment interactions, Bioinformatics, 19, 376?382 
    5. Hosmer, D. W. and Lemeshow, S. (2000). Applied logistic regression, John Wiley & Sons, New York 
    6. Kim, J. W., Park, S. I. and Yeo, J. S. (2003). Linkage mapping and QTL on chromosome 6 in Hanwoo(Korean Cattle), Asian-Australasian Journal of Animal Sciences, 16, 1402?1405     
    7. Lee, J. Y., Kwon, J. C. and Kim, J. J. (2008). Multifactor dimensionality reduction(MDR) analysis to detect single nucleotide polymorphisms associated with a carcass trait in a Hanwoo population, Asian-Australasian. Journal of Animal Science, 6, 784?788     
    8. Nelson, M. R., Kardia, S. L., Ferrell R. E. and Sing C. F. (2001). A combinatorial partitioning method to identify multilocus genotypic partitions that predict quantitative trait variation, Genome Research, 11, 458?470 
    9. Page, B. T., Casas, E., Quaas, R. L., Thallman, R. M., Wheeler, T. L., Shackelford, S. D., Koohmaraie, M., White, S. N., Bennett, G. L., Keele, J. W., Dikeman, M. E. and Smith, T. P. L. (2004). Association of markers in the bovine CAPNI gene with meat tenderness in large crossbred populations that sample influential industry sires, Journal of Animal Science, 82, 3474?3481 
    10. Ritchie, M. D., Hahn, L. W. and Moore, J. H. (2003). Power of multifactor dimensionality reduction for detecting gene-gene interactions in the presence of genotyping error, missing Data, phenocopy, and genetic heterogeneity, Genetic Epidemiology, 24,150?157 
    11. Ritchie, M. D., Hahn, L. W., Roodi, N., Bailey, L. R., Dupont, W. D., Parl, F. F. and Moore, J. H. (2001). Multifactor-dimensionality reduction reveals high-order interactions among estrogen-metabolism genes in sporadic breast cancer, American Journal of Human Genetics, 69, 138?147 
    12. Yang, C., He, Z., Wan, X., Yang, Q., Xue, H. and Yu. W. (2009). SNPHarvester: A filtering-based approach for detecting epistatic interactions in genome-wide association studies, Bioinformatics, 25, 504?511 
    13. Snelling, W. M., Casas, E., Stone, R. T., Keele, J. W., Harhay, G. P., Benett, G. L. and Smith, T. P. (2005). Linkage mapping bovine EST-based SNP, BMC Genomics, 6, 74?84 
  • 이 논문을 인용한 문헌 (2)

    1. 2012. "" 한국통계학회 논문집 = Communications of the Korean Statistical Society, 19(6): 799~808     
    2. Lee, Jae-Young ; Jang, Ji-Eun ; Oh, Dong-Yep 2015. "Major gene identification for SREBPs and FABP4 gene which are associated with fatty acid composition of Korean cattle" Journal of the Korean Data & Information Science Society = 한국데이터정보과학회지, 26(3): 677~685     

 저자의 다른 논문

  • Lee, Jea-Young (85)

    1. 1996 "Rank of the Model Matrix for Linear Compartmental Models" Journal of statistical theory & methods = 統計理論方法硏究 7 (1): 79~85    
    2. 1998 "An Improved Quantize-Quantize Plot for Normality Test" 한국통계학회 논문집 = Communications of the Korean Statistical Society 5 (1): 67~75    
    3. 1998 "Q-Q, P-P 플롯의 변동 통계량에 대한 ROC 분석" 한국통계학회 논문집 = Communications of the Korean Statistical Society 5 (1): 205~215    
    4. 1998 "Q-Q 플롯에 의한 Agreement의 통계적 분석" Journal of statistical theory & methods = 統計理論方法硏究 9 (1): 11~18    
    5. 1999 "A Simple $\textit{d}_2$ Factor ($d_2^s$) for Control Charts" 한국통계학회 논문집 = Communications of the Korean Statistical Society 6 (1): 69~76    
    6. 1999 "Normal Probability Plots for Normality" 한국통계학회 논문집 = Communications of the Korean Statistical Society 6 (3): 687~694    
    7. 1999 "변환된 LORENZ CURVE를 이용한 분포 연구" 응용통계연구 = The Korean journal of applied statistics 12 (1): 153~163    
    8. 1999 "유방의 침윤성 관암종에서 핵등급 기준으로서 핵크기의 의의" 대한세포병리학회지 = Korean journal of cytopathology 10 (1): 21~26    
    9. 1999 "정규성 그래프의 검정력 비교" Journal of the Korean Data & Information Science Society = 한국데이터정보과학회지 10 (2): 429~436    
    10. 2000 "Diagnostics of partial regression and partial residual plots" Journal of the Korean Data & Information Science Society = 한국데이터정보과학회지 11 (1): 73~81    
  • 김동철 (4)

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