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한국동물자원과학회지 = Journal of animal science and technology v.51 no.3, 2009년, pp.201 - 206   피인용횟수: 8
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돼지 브랜드 식별 및 원산지 추적에 활용 가능한 Microsatellite Marker Set의 확립
Establishment of a Microsatellite Marker Set for Individual, Pork Brand and Product Origin Identification in Pigs

임현태    (경상대학교 응용생명과학부(BK21)   ); 서보영    (경상대학교 응용생명과학부(BK21)   ); 정은지    (경상대학교 응용생명과학부(BK21)   ); 유채경    (경상대학교 응용생명과학부(BK21)   ); 종타오    (경상대학교 응용생명과학부(BK21)   ); 조인철    (농촌진흥청 국립축산과학원   ); 윤두학    (농촌진흥청 국립축산과학원   ); 이정규    (경상대학교 응용생명과학부(BK21)   ); 전진태    (경상대학교 응용생명과학부(BK21)  );
  • 초록

    돼지 원산지 추적 및 브랜드육 식별을 위한 MS marker set를 확립하기 위해 EU의 EID+DNA DNA Tracing 연구 project, 국제동물유전학회 및 Roslin 연구소 등에서 제안한 돼지의 다형성 분석에 사용되는 MS marker 중 17종을 선발하여 다형성지수, F-통계량, 동일개체 출현확률 및 친자감별확률 등을 MSA, CERVUS, FSTAT, GENEPOP 및 API-CALC 프로그램 등을 연계적으로 활용하여 추정하였다. 다형성지수 추정치를 1차 선발요인으로 하고, 각 MS marker의 PCR 결과물의 크기 및 분석 비용의 경제성을 추가로 감안하여 최종 13종의 MS marker (SW936, SW951, SW787, S00090, S0026, SW122, SW857, S0005, SW72, S0155, S0225, SW24 and SW632)와 성감별을 위한 2개의 성감별 primer로 조합된 하나의 Multiplexing PCR 시스템을 확립하였다. 이를 이용해 돼지 사육환경을 무작위 교배집단(PI), 반형매 교배집단 그리고 전형매 교배집단으로 가정하여 동일개체 출현확률을 분석한 결과 $2.47\times10^{-18}$ , $6.39\times10^{-13}$ 그리고 $1.08\times10^{-8}$ 로 나타나 브랜드 식별 및 원산지 추적에 적합할 것으로 사료된다.


    Seventeen porcine microsatellite (MS) markers recommended by the EID+DNA Tracing EU project, ISAG and Roslin institute were selected for the use in porcine individual and brand identification. The MSA, CERVUS, FSTAT, GENEPOP and API-CALC programs were applied for calculating heterozygosity indices. By considering the hetreozygosity value and PCR product size of each marker, we established a MS marker set composed of 13 MS markers (SW936, SW951, SW787, S00090, S0026, SW122, SW857, S0005, SW72, S0155, S0225, SW24 and SW632) and two sexing markers. The expected probability of identity among genotypes of random individuals (PI), probability of identity among genotypes from random half sibs ( $PI_{half-sibs}$ ) and among genotypes of random individuals, probability of identity among genotypes from random sibs( $PI_{sibs}$ ) were estimated as $2.47\times10^{-18}$ , $6.39\times10^{-13}$ and $1.08\times10^{-8}$ , respectively. The results indicate that the established marker set can provide a sufficient discriminating power in both individual and parentage identification for the commercial pigs produced in Korea.


  • 주제어

    Microsatellite markers .   Brand identification .   Porcine.  

  • 참고문헌 (15)

    1. Ayres, K. L. and Overall, A. D. J. 2004. API-CALC 1.0: a computer program for calculating the average probability of identity allowing for substructure, inbreeding and the presence of close relatives. Molecular Ecology Notes 4:315-318. 
    2. Barker, J. S. F., Tan, S. G., Selvaraj, O. S. and Mukherjee, T. K. 1997. Genetic variation within and relationships among populations of Asian water buffalo (Bubalus bualis). Anim. Genet. 28:1-13. 
    3. Bjornstad, G., Nilsen, N. O. and Roed, K. H. 2003. Genetic relationship between Mongolian and Norwegian horses ? Anim. Genet. 34:55-58 
    4. Blott, S. C., Williams, J. L. and Haley, C. S. 1999. Discriminating among cattle breeds using genetic markers. Heredity 82:613-619 
    5. Dieringer, D. and Schltterer, C. 2002. Microsatellite analyser (MSA): a platform independent analysis tool for large microsatellite data sets. Molecular Ecology Notes 3(1):167-169. 
    6. Goudet, J. 2001. FSTAT, a program to Estimate and Test Gene Diversities and Fixation Indices (version 2.9.3). Available from http://www.unil.ch/izea/software/fstat.html 
    7. IHGSC (International Human Genome Sequencing Consortium). 2001. Initial sequencing and analysis of the human genome. Nature 409:860-921. 
    8. Li, K., Chen, Y., Moran, C., Fan, B., Zhao, S. and Peng, Z. 2000. Analysis of diversity and genetic relationships between four Chinese indigenous pig breeds and one Australian commercial pig breed. Anim. Genet. 31:322-325. 
    9. Marshall, T. C., Slate, J., Kruuk, L. E. B. and Pemberton, J. M. 1998. Statistical confidence for likelihood-based paternity inference in natural populations. Mol. Ecol. 7:639-655. 
    10. Nei, M. 1972. Genetic distance between populations. Am. Nat. 106:283-292. 
    11. Kaul, R., Singh, A., Vijh, R. K., Tantia, M. S. and Behl, R. 2001. Evaluation of the genetic variability of 13 microsatellite markers in native Indian pigs. J. Genet 80:149-153. 
    12. Raymond, M. and Rousset, F. 1995. GENEPOP (version 1.2): population genetics software for exact tests and ecumenicism. J. Heredity 86:248-249. 
    13. Weir, B. S. and Hill, W. G. 2002. Estimating F-statistics. Annu. Rev. Genet. 36:721-50. 
    14. 농림수산식품부. 2008. 농림수산 식품 통계연보 
    15. 임현태, 민희식, 문원곤, 이재봉, 김재환, 조인철, 이학교, 이용욱, 이정규, 전진태. 2005. 한우 생산이력제에 활용 가능한 Microsatellite의 분석과 선발. 동물자원과학회지. 47(4):491-500.     
  • 이 논문을 인용한 문헌 (8)

    1. Lee, Kun-Woo ; Oh, Jae-Don ; Lee, Jin-Ah ; Cho, Kyu-Ho ; Nam, In-Sik ; Lee, Jun-Heon ; Seo, Ok-Suk ; Jeon, Gwang-Joo ; Lee, Hak-Kyo ; Kong, Hong-Sik 2010. "Estimation of Genetic Characteristic and Cumulative Power of Discrimination using the Microsatellite Markers in Korean Native Chicken" 한국가금학회지 = Korean journal of poultry science, 37(1): 81~87     
    2. Lee, Hak-Kyo ; Oh, Jae-Don ; Park, Chan-Ho ; Lee, Kun-Woo ; Lee, Jun-Heon ; Jeon, Gwang-Joo ; Kong, Hong-Sik 2010. "Comparison for Genetic Diversity between Korean Native Commercial Chicken Brand Groups using Microsatellite Markers" 한국가금학회지 = Korean journal of poultry science, 37(4): 355~360     
    3. Kim, Sang-Wook ; Li, Xiaoping ; Lee, Yun-Mi ; Kim, Jong-Joo ; Kim, Tae-Hun ; Choi, Bong-Hwan ; Kim, Kwan-Suk 2010. "Development of SNP Markers for Domestic Pork Traceability" 한국동물자원과학회지 = Journal of animal science and technology, 52(2): 91~96     
    4. Oh, Jae-Don ; Lee, Kun-Woo ; Seo, Ok-Suk ; Cho, Byung-Wook ; Jeon, Gwang-Joo ; Lee, Hak-Kyo ; Kong, Hong-Sik 2010. "Estimation of Genetic Characteristics and Cumulative Power of Discrimination in Korean Native Chicken and Korean Native Commercial Chicken" 생명과학회지 = Journal of life science, 20(7): 1086~1092     
    5. 2011. "" Reproductive & developmental biology = 한국동물번식학회지, 35(4): 399~405     
    6. 2013. "" Reproductive & developmental biology = 한국동물번식학회지, 37(4): 205~211     
    7. Suh, Sangwon ; Cho, Chang-Yeon ; Kim, Jae-Hwan ; Choi, Seong-Bok ; Kim, Young-Sin ; Kim, Hyun ; Seong, Hwan-Hoo ; Lim, Hyun-Tae ; Cho, Jae-Hyeon ; Ko, Yeoung-Gyu 2013. "Analysis of Genetic Characteristics and Probability of Individual Discrimination in Korean Indigenous Chicken Brands by Microsatellite Marker" 한국동물자원과학회지 = Journal of animal science and technology, 55(3): 185~194     
    8. 2015. "" Journal of animal science and technology : JAST, 57(2): 5.1~5.8   

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