본문 바로가기
HOME> 논문 > 논문 검색상세

논문 상세정보

Nonplanar DNA base pairs.

Sponer, J ; Floriá ; n, J ; Hobza, P ; Leszczynski, J ;
  • 초록  

    Three-dimensional structures of a representative set of more than 30 hydrogen-bonded nucleic acids pairs have been studied by reliable ab initio quantum mechanical methods. We show that many hydrogen-bonded nucleic acid base pairs are intrinsically nonplanar, mainly due to the partial sp3 hybridization of nitrogen atoms of their amino groups and secondary electrostatic interactions. This finding extends the variability of intermolecular interactions of DNA bases in that i) flexibility of the base pairs is larger than has been assumed before, and ii) attractive proton-proton acceptor interactions oriented out of the base pair plane are allowed. For example, all four G-A mismatch base pairs are propeller twisted, and the energy preferences for the nonplanar structures range from less than 0.1 kcal/mol to 1.8 kcal/mol. We predict that nonplanarity of the amino group of guanine in the G(anti)...A(anti) pair of the ApG step of the d(CCAAGATTGG)2 crystal structure is an important stabilizing factor that improves the energy of this structure by almost 3 kcal/mol. Currently used empirical potentials are not accurate enough to properly cover the interactions associated with amino-group and base-pair nonplanarity.


  • 원문보기

    원문보기
    무료다운로드 유료다운로드
    • 무료 원문 정보가 존재하지 않습니다.

    유료 다운로드의 경우 해당 사이트의 정책에 따라 신규 회원가입, 로그인, 유료 구매 등이 필요할 수 있습니다. 해당 사이트에서 발생하는 귀하의 모든 정보활동은 NDSL의 서비스 정책과 무관합니다.

    NDSL에서는 해당 원문을 복사서비스하고 있습니다. 아래의 원문복사신청 또는 장바구니 담기를 통하여 원문복사서비스 이용이 가능합니다.

 활용도 분석

  • 상세보기

    amChart 영역
  • 원문보기

    amChart 영역