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Nucleic acids research v.45 no.2, 2017년, pp.e7 - e7   SCI SCIE
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MetaMLST: multi-locus strain-level bacterial typing from metagenomic samples

Zolfo, Moreno (Centre for Integrative Biology, University of Trento, Trento, TN 38123, Italy ) ; Tett, Adrian (Centre for Integrative Biology, University of Trento, Trento, TN 38123, Italy ) ; Jousson, Olivier (Centre for Integrative Biology, University of Trento, Trento, TN 38123, Italy ) ; Donati, Claudio (Computational Biology Unit, Research and Innovation Centre, Fondazione Edmund Mach, Via Edmund Mach 1, San Michele all'Adige 38010, Italy ) ; Segata, Nicola (Centre for Integrative Biology, University of Trento, Trento, TN 38123, Italy ) ;
  • 초록  

    Metagenomic characterization of microbial communities has the potential to become a tool to identify pathogens in human samples. However, software tools able to extract strain-level typing information from metagenomic data are needed. Low-throughput molecular typing schema such as Multilocus Sequence Typing (MLST) are still widely used and provide a wealth of strain-level information that is currently not exploited by metagenomic methods. We introduce MetaMLST, a software tool that reconstructs the MLST loci of microorganisms present in microbial communities from metagenomic data. Tested on synthetic and spiked-in real metagenomes, the pipeline was able to reconstruct the MLST sequences with >98.5% accuracy at coverages as low as 1×. On real samples, the pipeline showed higher sensitivity than assembly-based approaches and it proved successful in identifying strains in epidemic outbreaks as well as in intestinal, skin and gastrointestinal microbiome samples.


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