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Biophysical journal v.112 no.2, 2017년, pp.368 - 375   SCI SCIE
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Charge, Diffusion, and Current Fluctuations of Single-Stranded DNA Trapped in an MspA Nanopore

Fleming, Stephen J. (Department of Physics, Harvard University, Cambridge, Massachusetts ); Lu, Bo ( Department of Physics, Harvard University, Cambridge, Massachusetts ); Golovchenko, Jene A. ( Department of Physics, Harvard University, Cambridge, Massachusetts );
  • 초록  

    Abstract We report effective charges and diffusion constants of several different single-stranded DNA oligonucleotides trapped in an MspA nanopore. Nucleotide identity is found to have a substantial influence on effective charges and diffusion constants. These quantities are determined from escape time experiments for a DNA molecule attached to a NeutrAvidin molecule that, unlike the DNA, does not pass through the pore. Correlations are reported between oligonucleotide effective charges and current blockages, and between their diffusion constants and DNA-induced current blockage fluctuations. We also report an?unanticipated source of current fluctuations that reflects a discrete blockage current level structure. We posit that this is associated with interactions between the NeutrAvidin molecule and the MspA nanopore.


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