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Cell v.174 no.1, 2018년, pp.102 - 116.e14   SCI SCIE
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CTCF-Binding Elements Mediate Accessibility of RAG Substrates During Chromatin Scanning

Jain, Suvi (Howard Hughes Medical Institute ) ; Ba, Zhaoqing (Howard Hughes Medical Institute ) ; Zhang, Yu (Howard Hughes Medical Institute ) ; Dai, Hai-Qiang (Howard Hughes Medical Institute ) ; Alt, Frederick W. (Howard Hughes Medical Institute ) ;
  • 초록  

    Summary RAG endonuclease initiates antibody heavy chain variable region exon assembly from V, D, and J segments within a chromosomal V(D)J recombination center (RC) by cleaving between paired gene segments and flanking recombination signal sequences (RSSs). The IGCR1 control region promotes DJ H intermediate formation by isolating Ds, J H s, and RCs from upstream V H s in a chromatin loop anchored by CTCF-binding elements (CBEs). How V H s access the DJ H RC for V H to DJ H rearrangement was unknown. We report that CBEs immediately downstream of frequently rearranged V H -RSSs increase recombination potential of their associated V H far beyond that provided by RSSs alone. This CBE activity becomes particularly striking upon IGCR1 inactivation, which allows RAG, likely via loop extrusion, to linearly scan chromatin far upstream. V H -associated CBEs stabilize interactions of D-proximal V H s first encountered by the DJ H RC during linear RAG scanning and thereby promote dominant rearrangement of these V H s by an unanticipated chromatin accessibility-enhancing CBE function. Highlights V H -CBEs greatly augment V H to DJ H recombination by enhancing V H accessibility A 3C-HTGTS assay provides high-resolution interaction profiles of Igh locus sequences V H -CBEs promote prolonged V H interaction with the V(D)J recombination center RAG chromatin scanning and chromatin loop extrusion share key features Graphical Abstract [DISPLAY OMISSION]


  • 주제어

    V(D)J recombination .   RAG chromatin scanning .   loop extrusion .   3C-HTGTS .   CTCF-binding elements .   CBE orientation .   VH accessibility .   intergenic control region 1 .   HTGTS-Rep-seq .   VH81X.  

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