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Genome announcements 21건

  1. [해외논문]   Draft Genome Sequence of Flavobacterium johnsoniae CI04, an Isolate from the Soybean Rhizosphere  

    Bravo, Juan I. (Department of Molecular, Cellular and Developmental Biology, Yale University, New Haven, Connecticut, USA ) , Lozano, Gabriel L. (Department of Molecular, Cellular and Developmental Biology, Yale University, New Haven, Connecticut, USA ) , Handelsman, Jo (Department of Molecular, Cellular and Developmental Biology, Yale University, New Haven, Connecticut, USA)
    Genome announcements v.5 no.4 ,pp. e01535-16 , 2017 ,

    초록

    ABSTRACT Flavobacterium johnsoniae CI04 was coisolated with Bacillus cereus from a root of a field-grown soybean plant in Arlington, WI, and selected as a model for studying commensalism between members of the Cytophaga-Flavobacterium-Bacteroides group and B. cereus . Here we report the draft genome sequence of F. johnsoniae CI04 obtained by Illumina sequencing.

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  2. [해외논문]   Complete Annotated Genome Sequences of Three Campylobacter jejuni Strains Isolated from Naturally Colonized Farm-Raised Chickens  

    Taveirne, Michael E. (Department of Microbiology and Immunology, University of Michigan Medical School, Ann Arbor, Michigan, USA ) , Dunham, Drew T. (Department of Microbiology and Immunology, University of Michigan Medical School, Ann Arbor, Michigan, USA ) , Perault, Andrew (Department of Microbiology and Immunology, University of Michigan Medical School, Ann Arbor, Michigan, USA ) , Beauchamp, Jessica M. (Department of Microbiology and Immunology, University of Michigan Medical School, Ann Arbor, Michigan, USA ) , Huynh, Steven (Produce Safety and Microbiology Research Unit, Agricultural Research Service, U.S. Department of Agriculture, Albany, California, USA ) , Parker, Craig T. (Produce Safety and Microbiology Research Unit, Agricultural Research Service, U.S. Department of Agriculture, Albany, California, USA ) , DiRita, Victor J. (Department of Microbiology and Immunology, University of Michigan Medical School, Ann Arbor, Michigan, USA)
    Genome announcements v.5 no.4 ,pp. e01407-16 , 2017 ,

    초록

    ABSTRACT Campylobacter jejuni is a leading cause of bacterially derived foodborne illness. Human illness is commonly associated with the handling and consumption of contaminated poultry products. Three C. jejuni strains were isolated from cecal contents of three different naturally colonized farm-raised chickens. The complete genomes of these three isolates are presented here.

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  3. [해외논문]   Draft Genome Sequence of Bacillus sp. FMQ74, a Dairy-Contaminating Isolate from Raw Milk  

    Okshevsky, Mira (Interdisciplinary Nanoscience Center (iNANO), Aarhus University, Aarhus, Denmark ) , Regina, Viduthalai R. (Interdisciplinary Nanoscience Center (iNANO), Aarhus University, Aarhus, Denmark ) , Marshall, Ian P. G. (Center for Geomicrobiology, Section for Microbiology, Department of Bioscience, Aarhus University, Aarhus, Denmark ) , Schreiber, Lars (Center for Geomicrobiology, Section for Microbiology, Department of Bioscience, Aarhus University, Aarhus, Denmark ) , Meyer, Rikke L. (Interdisciplinary Nanoscience Center (iNANO), Aarhus University, Aarhus, Denmark)
    Genome announcements v.5 no.4 ,pp. e01512-16 , 2017 ,

    초록

    ABSTRACT Representatives of the genus Bacillus are common milk contaminants that cause spoilage and flavor alterations of dairy products. Bacillus sp. FMQ74 was isolated from raw milk on a Danish dairy farm. To elucidate the genomic basis of this strain's survival in the dairy industry, a high-quality draft genome was produced.

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  4. [해외논문]   Whole-Genome Sequence and Annotation of Salmonella enterica subsp. enterica Serovar Enteritidis Phage Type 8 Strain EN1660  

    Perry, Benjamin J. (Department of Biology, University of Regina, Regina, Saskatchewan, Canada ) , Fitzgerald, Stephen F. (Department of Biology, University of Regina, Regina, Saskatchewan, Canada ) , Krö (Department of Microbiology, School of Genetics and Microbiology, Moyne Institute of Preventive Medicine, Trinity College Dublin, Dublin, Ireland ) , ger, Carsten (Department of Biology, University of Regina, Regina, Saskatchewan, Canada) , Cameron, Andrew D. S.
    Genome announcements v.5 no.4 ,pp. e01517-16 , 2017 ,

    초록

    ABSTRACT The genome of Salmonella enterica subspecies enterica serovar Enteritidis phage type 8 strain EN1660, isolated from an outbreak in Thunder Bay, Canada, was sequenced to 46-fold coverage using an Illumina MiSeq with 300-bp paired-end sequencing chemistry to produce 28 contigs with an N 50 value of 490,721 bp.

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  5. [해외논문]   Draft Genome Sequence of Nocardioides luteus Strain BAFB, an Alkane-Degrading Bacterium Isolated from JP-7-Polluted Soil  

    Brown, Lisa M. (University of Dayton Research Institute, Dayton, Ohio, USA ) , Gunasekera, Thusitha S. (University of Dayton Research Institute, Dayton, Ohio, USA ) , Ruiz, Oscar N. (Fuels and Energy Branch, Aerospace Systems Directorate, Air Force Research Laboratory, Wright-Patterson AFB, Ohio, USA)
    Genome announcements v.5 no.4 ,pp. e01529-16 , 2017 ,

    초록

    ABSTRACT Nocardioides luteus strain BAFB is a Gram-positive bacterium that efficiently degrades C 8 to C 11 alkanes aerobically. The draft genome of N. luteus BAFB is 5.76 Mb in size, with 5,358 coding sequences and 69.9% G+C content. The genes responsible for alkane degradation are present in this strain.

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  6. [해외논문]   Draft Genome Sequence of Weissella confusa MBF8-1, a Glucansucrase- and Bacteriocin-Producing Strain Isolated from a Homemade Soy Product  

    Heng, Nicholas C. K. (Sir John Walsh Research Institute, Faculty of Dentistry, University of Otago, Dunedin, New Zealand ) , Yeh, Chia-Wen (Sir John Walsh Research Institute, Faculty of Dentistry, University of Otago, Dunedin, New Zealand ) , Malik, Amarila (Division of Pharmaceutical Microbiology and Biotechnology, Faculty of Pharmacy, Universitas Indonesia, Depok, Indonesia)
    Genome announcements v.5 no.4 ,pp. e01497-16 , 2017 ,

    초록

    ABSTRACT We report here the draft genome sequence of Weissella confusa MBF8-1, an isolate from a homemade fermented soybean product that produces sucrases and exhibits antibacterial (bacteriocin) activity. The draft genome of W. confusa MBF8-1 comprises a 2.2-Mbp chromosome and a 17.8-kbp bacteriocin-encoding plasmid. Two putative glucansucrase genes were also identified.

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  7. [해외논문]   Genome Sequence of the Symbiotic Type Strain Rhizobium tibeticum CCBAU85039 T  

    Torres Tejerizo, Gonzalo (CeBiTec, Bielefeld University, Genome Research of Industrial Microorganisms, Bielefeld, Germany ) , Wibberg, Daniel (CeBiTec, Bielefeld University, Genome Research of Industrial Microorganisms, Bielefeld, Germany ) , Winkler, Anika (CeBiTec, Bielefeld University, Genome Research of Industrial Microorganisms, Bielefeld, Germany ) , Ormeñ (Laboratorio de Ecología Microbiana y Biotecnología, Departamento de Biología, Facultad de Ciencias, Universidad Nacional Agraria La Molina, Lima, Peru ) , o-Orrillo, Ernesto (Centro de Ciencias Genómicas, Universidad Nacional Autónoma de México, Cuernavaca, Morelos, Mexico ) , Martí (CeBiTec, Bielefeld University, Genome Research of Industrial Microorganisms, Bielefeld, Germany ) , nez-Romero, Esperanza (CeBiTec, Bielefeld University, Genome Research of Industrial Microorganisms, Bielefeld, Germany ) , Niehaus, Karsten (CeBiTec, Bielefeld University, Genome Research of Industrial Microorganisms, Bielefeld, Germany ) , Pü (IBBM (Instituto de Biotecnología y Biología Molecular), CCT-CONICET-La Plata, Departamento de Ciencias) , hler, Alfred , Kalinowski, Jö , rn , Lagares, Antonio , Schlü , ter, Andreas , Pistorio, Mariano
    Genome announcements v.5 no.4 ,pp. e01513-16 , 2017 ,

    초록

    ABSTRACT Rhizobium tibeticum was originally isolated from root nodules of Trigonella archiducis-nicolai grown in Tibet, China. This species is also able to nodulate Medicago sativa and Phaseolus vulgaris . The whole-genome sequence of the type strain, R. tibeticum CCBAU85039 T , is reported in this study.

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  8. [해외논문]   Draft Genome Sequence of Staphylococcus succinus subsp. succinus Type Strain DSM 14617, Isolated from Plant and Soil Inclusions within 25- to 35-Million-Year-Old Dominican Amber  

    Zhou, Hairui (Department of Medical School, Jiamusi University, Jiamusi, PR China ) , Yao, Zhenyu (Department of Medical School, Jiamusi University, Jiamusi, PR China ) , Shi, Haihong (Department of Medical School, Jiamusi University, Jiamusi, PR China ) , Wang, Baixin (Department of Medical School, Jiamusi University, Jiamusi, PR China ) , Li, Dong (Department of Medical School, Jiamusi University, Jiamusi, PR China ) , Hou, Jie (Department of Medical School, Jiamusi University, Jiamusi, PR China ) , Ma, Shuxia (Department of Medical School, Jiamusi University, Jiamusi, PR China)
    Genome announcements v.5 no.4 ,pp. e01521-16 , 2017 ,

    초록

    ABSTRACT Staphylococcus succinus subsp. succinus type strain DSM 14617 was isolated from plant and soil inclusions within 25- to 35-million-year-old Dominican amber. The complete genome sequence of strain DSM 14617 T includes a genome of 2.88 Mb (32.94% G+C content) without any plasmids.

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  9. [해외논문]   Complete Genome Sequence of the Dairy Isolate Lactobacillus acidipiscis ACA-DC 1533  

    Kazou, Maria (Laboratory of Dairy Research, Department of Food Science and Human Nutrition, Agricultural University of Athens, Athens, Greece ) , Alexandraki, Voula (Laboratory of Dairy Research, Department of Food Science and Human Nutrition, Agricultural University of Athens, Athens, Greece ) , Pot, Bruno (Research Group of Industrial Microbiology and Food Biotechnology (IMDO), Vrije Universiteit Brussel, Brussels, Belgium ) , Tsakalidou, Effie (Laboratory of Dairy Research, Department of Food Science and Human Nutrition, Agricultural University of Athens, Athens, Greece ) , Papadimitriou, Konstantinos (Laboratory of Dairy Research, Department of Food Science and Human Nutrition, Agricultural University of Athens, Athens, Greece)
    Genome announcements v.5 no.4 ,pp. e01533-16 - e01533-16 , 2017 ,

    초록

    Lactobacillus acidipiscis is a Gram-positive lactic acid bacterium belonging to the Lactobacillus salivarius clade. Here, we present the first complete genome sequence of L. acidipiscis isolated from traditional Greek Kopanisti cheese. Strain ACA-DC 1533 may play a key role in the strong organoleptic characteristics of Kopanisti cheese.

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  10. [해외논문]   Draft Genome Sequence of the Plant Growth-Promoting Rhizobacterium Pseudomonas fluorescens Strain CREA-C16 Isolated from Pea ( Pisum sativum L.) Rhizosphere  

    D'Agostino, Nunzio (CREA-ORT, Consiglio per la Ricerca in Agricoltura e l'Analisi dell'Economia Agraria, Centro di Ricerca per l'Orticoltura, Pontecagnano Faiano, Salerno, Italy ) , Sorrentino, Roberto (CREA-ORT, Consiglio per la Ricerca in Agricoltura e l'Analisi dell'Economia Agraria, Centro di Ricerca per l'Orticoltura, Pontecagnano Faiano, Salerno, Italy ) , Scotti, Riccardo (CREA-ORT, Consiglio per la Ricerca in Agricoltura e l'Analisi dell'Economia Agraria, Centro di Ricerca per l'Orticoltura, Pontecagnano Faiano, Salerno, Italy ) , Salzano, Melania (CREA-ORT, Consiglio per la Ricerca in Agricoltura e l'Analisi dell'Economia Agraria, Centro di Ricerca per l'Orticoltura, Pontecagnano Faiano, Salerno, Italy ) , Aurilia, Vincenzo (National Research Council of Italy, Institute for Mediterranean Agriculture and Forest Systems, Ercolano, Naples, Italy ) , Zaccardelli, Massimo (CREA-ORT, Consiglio per la Ricerca in Agricoltura e l'Analisi dell'Economia Agraria, Centro di Ricerca per l'Orticoltura, Pontecagnano Faiano, Salerno, Italy)
    Genome announcements v.5 no.4 ,pp. e01456-16 , 2017 ,

    초록

    ABSTRACT Herein, we report the draft genome sequence of Pseudomonas fluorescens strain CREA-C16, a plant growth-promoting rhizobacterium that was isolated from the rhizosphere of Pisum sativum L. plants. The genome sequence is ~6 Mb in size, with a G+C content of 60.1%, and includes 4,457 candidate protein-encoding genes.

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