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보고서 상세정보

유전체 정보처리 및 데이터베이스 구축
Bioinformatics for genomic data processing and analysis

  • 사업명

    21C 프론티어연구개발사업

  • 과제명

    유전체정보처리 및 데이터베이스 구축

  • 주관연구기관

    한국생명공학연구원
    Korea Research Institute of Bioscience and Biotechnology

  • 연구책임자

    김상수

  • 참여연구자

    유웅식   한윤수   강성수  

  • 보고서유형

    1단계보고서

  • 발행국가

    대한민국

  • 언어

    한국어

  • 발행년월

    2003-08

  • 과제시작년도

    2002

  • 주관부처

    과학기술부

  • 사업 관리 기관

    한국과학재단
    Korea Science and Engineering Foundtion

  • 등록번호

    TRKO201000012123

  • 과제고유번호

    1350004473

  • 키워드

    바이오인포매틱스.생물정보학.염기서열.디엔에이칩.데이터베이스.유전체.bioinformatics.EST.DNA microarray chip.database.genomics.proteomics.

  • DB 구축일자

    2013-04-18

  • 초록 


    This project established the bioinformatics system supporting the major activities of the whole 21C Frontier Program. It covers g...

    This project established the bioinformatics system supporting the major activities of the whole 21C Frontier Program. It covers genome sequence assembly and annotation of Korean strain of Helicobacter pylori, EST analysis pipeline, DNA microarray analysis system, and databases of SNP and RLGS. Our EST analysis pipeline was instrumental in automatic processing of 200k+ EST collected from stomach, liver and other cell lines and tissues, resulting in over 33k clusters. All these clusters were annotated with various external databases, mapped to the human genome, and classified with biological pathways and ontology. Everything is easily viewed on a web browser. We established a procedure for the normalization of image analysis result of microarray experiments and robust statistical analysis procedures. As our microarray datasets were deposited by various groups, often times showing inconsistency among them, we had to develop a novel procedure of combining multiple datasets and drawing a consensus result. We validated this method with published datasets and applied it to our liver cancer dataset collected by three hospital teams. The results are in press by the journal of Bioinformatics. A total of 1,457 genes have listed up as either up- or down-regulated significantly in either stomach or liver cancers based on EST frequency, microarray expression profiles, 2D gel expression, SAGE, and others. This list laid ground for further detailed functional study of these important cancers.


    본 과제는 21세기 프론티어사업단의 공통인프라 과제의 하나로서, 사업 수행에 필수적인 바이오인포매틱스를 지원하는 것을 목적으로 하고 있다. 본 과제의 범위는 헬리코박터 파이로리 한국인 균주의 염기서열 결정 및 annotation, ...

    본 과제는 21세기 프론티어사업단의 공통인프라 과제의 하나로서, 사업 수행에 필수적인 바이오인포매틱스를 지원하는 것을 목적으로 하고 있다. 본 과제의 범위는 헬리코박터 파이로리 한국인 균주의 염기서열 결정 및 annotation, 위암/간암 세포의 EST 발굴, DNA 칩 분석 시스템 및 SNP/RLGS 데이터베이스 구축 등이다.본 과제에서 구축한EST 자동 분석 파이프라인을 이용하여 약 20만 건 이상의 EST를 위, 간을 포함한 세포 주 및 환자조직에서 서열을 분석하였고, 클러스터링을 통하여 33,000 여 클러스터를 발굴하였다. 이들 클러스터는 다양한 공개 DB 및 인간게놈에 매핑하였으며, 생물학적 경로 및 ontology도 분류하였으며,이러한 결과는 모두 웹브라우저를 통하여 제공된다.DNA 칩 분석을 위해서는 유용한 데이터정규화 방법 및 뛰어난 통계분석 방법을 개발하였다.특히 본 사업에서 수집한DNA 칩 데이터는 여러 팀으로부터 모은 것으로서,실험실 간의 편차를 보여주기 때문에,기존의 분석법과는 달리 복수센터데이터를 효과적으로 통합한 일치된 결과를 보여주는 새로운 통계방법을 개발한 것이다. 이 방법은 이미 인터넷에 공개된 데이터 및 본 사업단에서 얻은 간암 데이터에 적용하여 생물학적으로 의미있는 결과를 도출하였으며,Bioinformatics 저널 6월에 실렸다. 위암/간암 EST 빈도 분석 및, DNA 칩 분석, 단백질 2D 분석, SAGE등에서부터 얻어진 정보를 총합한 결과, 약 1400여 유전자가 위암/간암에서 발현의 변화를 보이는 것으로 나타났으며,이들 유전자는 위암/간암과 관련된 유전자들의 기능을 연구하는 2단계 사업의 초석이 될 것이며,이러한 결과를 도출하는데,본 과제는 중심적인 역할을 담당하였다.


  • 목차(Contents) 

    1. 표지...2
    2. 제출문...3
    3. 초록...4
    4. 요약문...5
    5. SUMMARY...7
    6. CONTENTS...9
    7. 제1장 연구개발과제의 개요 ...10
    8. 제2장 국내외 기술개발 현황 ...11
    9. 제3장 연구개발수행 내용 및 결과 ...13
    10. 제1절 ...
    1. 표지...2
    2. 제출문...3
    3. 초록...4
    4. 요약문...5
    5. SUMMARY...7
    6. CONTENTS...9
    7. 제1장 연구개발과제의 개요 ...10
    8. 제2장 국내외 기술개발 현황 ...11
    9. 제3장 연구개발수행 내용 및 결과 ...13
    10. 제1절 EST파이프라인 구축...14
    11. 제2절 DNA칩 분석 시스템 구축...27
    12. 제3절 DNA칩을 이용한 간암 유전자 발현 패턴 분석...32
    13. 제4절 복수DNA 칩 데이터 통합분석을 위한 메타분석 기법 개발...38
    14. 제5절 DNA칩을 이용한 위암 유전자 발현 패턴 분석...42
    15. 제6절 기타...43
    16. 제4장 목표달성도 및 관련분야에의 기여도 ...45
    17. 제1절 연차별 세부목표 및 달성도...45
    18. 제2절 연차별 연구 내용 및 범위...46
    19. 제5장 연구개발결과의 활용계획 ...47
    20. 제6장 연구개발과정에서 수집한 해외과학기술정보 ...48
    21. 제7장 참고문헌 ...49
  • 참고문헌

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