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보고서 상세정보

간암환자의 간조직에 대한 프로테옴 분석을 통한 진단용 단백질의 발굴

  • 사업명

    21C 프론티어연구개발사업

  • 과제명

    간암임상시료의 프로테옴 분석에 의한 암관련 후보단백질 발굴

  • 주관연구기관

    연세대학교
    Yonsei University

  • 연구책임자

    백융기

  • 참여연구자

    김호근   심용희   유은실   이원석  

  • 보고서유형

    최종보고서

  • 발행국가

    대한민국

  • 언어

    한국어

  • 발행년월

    2003-08

  • 과제시작년도

    2002

  • 주관부처

    과학기술부

  • 사업 관리 기관

    한국과학재단
    Korea Science and Engineering Foundtion

  • 등록번호

    TRKO201000012132

  • 과제고유번호

    1350013961

  • 키워드

    간암.프로테옴.간암데이터베이스.마커단백질.ICAT.Hepatocellular carcinoma.proteome.database.marker protein.ICAT.

  • DB 구축일자

    2013-04-18

  • 초록 


    To understand functional roles of proteins in hepatocelluar carcinoma (HCC) at the protein level, more than 300 paired specimens ...

    To understand functional roles of proteins in hepatocelluar carcinoma (HCC) at the protein level, more than 300 paired specimens of HCC patients were analyzed by proteomic tools including two-dimensional electrophoresis (2DE), ICAT and SELDI-TOF. We were able to identify more than 150 proteins in which total 32 types of protein representing 24 protein families were induced while 34 types of protein spots representing 27 protein families decreased. Some of these differentially expressed proteins were confirmed by Western blot analysis. Parts of these differentially expressed proteins are related to one of the metabolic pathways of glucose, amino acid transformation and detoxification. For example, decreased protein families are liver specific-proteins involved in detoxification, suggesting that mitochondrial proteins and cellular protection mechanism are important for HCC development. Two proteins were brought to our attention. First protein is tissue ferritin-light chain (T-FLC), an iron storage protein. Comparative analysis of the respective spot patterns in 2DE or ICAT revealed that T-FLC was either severely suppressed or reduced to undetectable levels in HCC suggesting that the translational or post-translational modification of T-FLC may be the cause of T-FLC suppression in HCC. Furthermore, with PCR-based loss of heterozygosity analysis, only one out of nineteen HCCs showed chromosomal deletions at 19q13.3-q13.4 where T-FLC is located, indicating that the suppression of T-FLC is unlikely due to structural genomic changes with HCC. Thus, both proteomic and genomic evidences support not only a basis for the suppression of T-FLC in HCC but also provide a new clue to the unresolved question of histochemical absence of iron during hepatocarcinogenesis. Second protein is aldehyde dehydrogenase (ALDH), which is involved in alchohol metabolism. Comparative analysis of the respective spot patterns in 2DE revealed that three variants of class 3 aldehyde dehydrogenase (ALDH-3) newly appeared while two variants of ALDH-2 diminished to undectable levels in HCC. However, four ALDH-1 variants with different pIs remained unaffected. This pattern of concomitant appearance and disappearance of ALDH-3 and ALDH-2 variants was consistently observed in all HCC tissues examined. Ourresults suggest that alterations of ALDH isozyme variants may be closely correlated to HCC and the proteomic analysis of these proteins might be a novel approach to identify the molecular events in detail during hepatocarcinogenesis. To manage all these HCC proteome data, YPRC-PDS (http://yprcpdb.proteomix.org/~damduck/) was constructed and optimized for data mining and analysis. Furthermore, based on proteomic profile of HCC metabolic pathway of HCC related enzymes has been constructed for the first time (http://www.proteomix.org/hcc).


    1. 간암 임상시료의 프로테옴분석
    ${^{\circ}}$암조직 및 혈장: 150예,${^{\circ}}$정상조직 및 혈장: 150예, 총 310예의 샘플 분석완료, 세계최초의 HCC 단백...

    1. 간암 임상시료의 프로테옴분석
    ${^{\circ}}$암조직 및 혈장: 150예,${^{\circ}}$정상조직 및 혈장: 150예, 총 310예의 샘플 분석완료, 세계최초의 HCC 단백질 데이터베이스 구축
    2. 핵심분석 기술 개발
    ${^{\circ}}$ ICAT 에 의한 간암조직 분석: 국제동연구를 통해 ICAT조건확립, 학회발표(ASMS, 2002)
    3. 발굴된 특이 단백질의 기능연구 와 간암특이진단법개발
    ${^{\circ}}$ ALDH, FLC 등 주요 마커단백질의 기능규명, 국제논문출간
    4. 발굴된 간암표적단백질의 기능부전원인분석 (유전자변형과 유형)
    ${^{\circ}}$간암 신선조직 확보 및, tissue array 제작, 간암의 특이한 유전체 변화 규명
    5. 간암 발생과정에 중요한 효소단백질인 DNA methyltransferase의 역할 규명
    ${^{\circ}}$Nuclear DNA methyltransferase 의 subtype의 상대적 발현 규명, 국제논문게재완료
    6. 간암 특이 활성/불활성 단백질군 발굴
    ${^{\circ}}$간암에 특이하게 불활성화 되는 종양억제 유전자들 규명
    7. 간암. 간암환자의 임상적 데이터 베이스 구축 및 원인 인자 분석과 생물학적 진행 평가
    ${^{\circ}}$전년도 사업의 연속으로 프로테옴 데이터 분석을 위한 임상 데이터 베이스 확보
    8. 국제공동연구를 통해 난분리성 지질막단백질과 Basic 단백질의 분리기술 개발
    ${^{\circ}}$Basic protein의 분리방법, 조건을 확립하였음
    9. 웹기반 프로테옴 데이터베이스 구축 시스템 (YPRC-PDS)의 개발 완료 및 간암 데이터베이스 (YPRC-HRDB, Hepatocellular carcinoma Reference Database)의 구축


  • 목차(Contents) 

    1. 제출문...1
    2. 초록...2
    3. 요약문...3
    4. SUMMARY...7
    5. 목차...8
    6. 제1장 연구개발과제의 개요 ...10
    7. 제1절 연구개발의 필요성 ...10
    8. 1. 연구개발의 중요성 ...10
    9. 2. 현 기술상태의 취약성 ...13...
    1. 제출문...1
    2. 초록...2
    3. 요약문...3
    4. SUMMARY...7
    5. 목차...8
    6. 제1장 연구개발과제의 개요 ...10
    7. 제1절 연구개발의 필요성 ...10
    8. 1. 연구개발의 중요성 ...10
    9. 2. 현 기술상태의 취약성 ...13
    10. 3. 앞으로의 전망: 국내외에서 프로테오믹스 연구의 활성화로 인한 관련 학문분야의 발전 가능성 및 본 사업을 통해 산출된 간암 특이 단백질에 대한 기능연구 확대 가능성 ...14
    11. 제2장 국내외 기술개발 현황 ...15
    12. 제1절 국외 기술개발 동향 및 실적 분석 ...15
    13. 1. 간암의 발병기전관련 연구현황 요약 ...15
    14. 2. 간암의 프로테오믹스 연구 ...15
    15. 제2절 국내 연구개발 현황 및 실적분석 ...16
    16. 1. 국내의 위암, 간암 프로테옴 연구동향 ...16
    17. 제3장 연구개발수행 내용 및 결과 ...19
    18. 제1절 위암 간암의 시료 채취 및 조직학적 분류(담당: 정현철, 김현옥) ...19
    19. 제2절 위암,간암의 (유전적) 유형 분류 (담당:김호근,유내춘) ...20
    20. 1. 연구수행내용 ...20
    21. 2. 결과 ...23
    22. 제3절 간암 임상조직 샘플 수집 및 메틸화 연구(담당: 유은실, 심용희) ...29
    23. 1. 연구수행방법 ...29
    24. 2. 결과 ...29
    25. 3. 연구결과의 중요성 ...29
    26. 제4절 위암 간암의 유형별 시료의 프로테옴 분석(담당: 백융기) ...30
    27. 1. 연구수행내용 및 결과 ...30
    28. 2. 프로테옴 분석 분야 종합 결과 ...45
    29. 제5절 위암 간암의 사람세포주 모델을 이용한 프로테옴 분석 ...50
    30. 1. 화학약물 내성에 관련된 신규표적단백질 탐색 및 DB 산출 (담당: 정인권) ...50
    31. 제6절 프로테옴 결과의 DB 구축 및 산출 ...61
    32. 1. 프로테옴 DB구축과 Database Management System의 개발 ...61
    33. 2. 프로테옴 DB구축과 Database Management 시스템 구축 ...62
    34. 제4장 목표달성도 및 관련분야에의 기여도 ...68
    35. 제1절 수정된 최종목표 (2차년도 중간보고서 제출시 보고) ...68
    36. 제2절 목표달성도 ...69
    37. 1. 1차년도 목표 달성도 (Proteome Database 구축 분야는 별도 표시) ...69
    38. 2. 2, 3차년도 목표달성도 ...71
    39. 3. 프로테옴 DB구축과 Database Management System 구축 ...72
    40. 제5장 연구개발결과의 중요성 ...75
    41. 제1절 간암에 대한 프로테옴 연구 ...75
    42. 제2절 간암의 단백체 발현변화와 유전자변이와의 상관성 규명 ...75
    43. 제3절 웹기반 프로테옴 데이터베이스 구축용 솔루션 (YPRC-PDS) ...75
    44. 제6장 연구개발결과의 활용계획 ...77
    45. 연구결과 활용계획서 ...79
    46. 1. 연구목표 및 내용 ...79
    47. 2. 연구수행결과 현황(연구종료시점까지) ...79
    48. 3. 연구성과 ...91
    49. 4. 기술이전 및 연구결과 활용계획 ...91
    50. 5. 기대효과 ...91
    51. 6. 문제점 및 건의사항(연구성과의 제고를 위한 제도;규정 및 연구관리 등의 개선점을 기재) ...92
  • 참고문헌

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