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보고서 상세정보

Epigenetic modification에 기인한 위암 관련 유전자의 임사엄증 및 진단-예후 표지자 개발
Functional validation of target genes associated with stomach carcinogenesis based on epigenetic modification

  • 사업명

    21C프론티어연구개발사업

  • 과제명

    Epigenetic modification에 기인한 위암 관련 유전자의 임상검증 및 진단-예후 표지자 개발

  • 주관연구기관

    한국생명공학연구원
    Korea Research Institute of Bioscience and Biotechnology

  • 연구책임자

    김용성

  • 참여연구자

    김선영   김정환   장해란   김희진   김미랑   김승균   권미성  

  • 보고서유형

    2단계보고서

  • 발행국가

    대한민국

  • 언어

    한국어

  • 발행년월

    2006-05

  • 과제시작년도

    2004

  • 주관부처

    과학기술부

  • 사업 관리 기관

    한국과학재단
    Korea Science and Engineering Foundtion

  • 등록번호

    TRKO201000012240

  • 과제고유번호

    1350009633

  • 키워드

    위암.메칠화.표지자.암억제유전자.전암병변.조직은행.gastric cancer.methylation.biomarker.tumor suppressor gene.precancer.tissue bank.

  • DB 구축일자

    2013-04-18

  • 초록 


    The gastric cancer is the most prevalent malignant neoplasms in Korean population. To understand the molecular events for tumorig...

    The gastric cancer is the most prevalent malignant neoplasms in Korean population. To understand the molecular events for tumorigenesis in gastric cancer cell, the methylation profiles from cancer cell lines, primary tumors and normal tissues are necessary. We studied to get the information from methylation profiles in gastric cancer genomes and to develop biomarkers for cancer detection in patient's body fluids.
    RLGS or drug treatment and reactivation analysis by microarray have been done to screen the methylation of CpG islands in the 5' region of tumor suppressor candidate genes associated with transcriptional silencing of the genes. First, we discovered 177 candidate targets and among them identified 57 significant novel targets by clinical validation using real-time RT-PCR in clinical set. None of these target genes has been reported to be methylated in stomach cancer previously. Next we identified 17 hypermethylated targets and 3 hypomethylated targets through the methylation quantitation by Pyrosequencing method. They could be divided into three categories depending on methylation mode with patient's aging: Type-AU (aging-unrelated methylation), Type-AR (aging-related M), and Type-C (cancer-specific M). When five target genes were over-expressed in epigenetically silenced cell lines, they showed the significant decrease of colony number in monolayer and soft agar culture, respectively. Furthermore, xenograft assay also showed greatly reduced tumor growth, suggesting that the putative genes has anti-oncogenic activity.


    본 연구는 위암 특이적인 methylation-based biomarker를 발굴하고 임상검증을 수행하여 유용한 타겟을 선별하는 것을 주요 목표로 하며, 향후 대규모의 환자-대조군 및 지역 코호트를 대상으로 조기진단 및 예후, 맞춤...

    본 연구는 위암 특이적인 methylation-based biomarker를 발굴하고 임상검증을 수행하여 유용한 타겟을 선별하는 것을 주요 목표로 하며, 향후 대규모의 환자-대조군 및 지역 코호트를 대상으로 조기진단 및 예후, 맞춤치료기술 등의 개발을 위한 기반을 제공하고자 하였음
    1. Target 발굴 및 임상검증
    ? 위암세포주 및 위암조직으로부터 177종의 epigenetic target 동정
    ? Real-time RT-PCR 및 chip 분석 등의 임상검증을 통해 57종의 novel target 선정
    2. 위암세포에서의 hyper- 및 hypomethylation의 정량 분석
    ? Pyrosequencing을 이용한 MGGC-01 등 17종의 hypermethylated target선정
    ? MGGC-018 등 3종의 hypomethylated target 선정
    3. Novel epigenetic target의 기능검증
    ? MGGC-02 등 5종의 hypermethylated target의 colony forming assay 또는 xenograft assay를 통한 기능 검증 및 tumor suppressor gene 후보유전자 입증
    4. Hypomethylated target MGGC-18의 immunohistochemistry assay
    ? 전암병변 biomarker 발굴
    - Intestinal type 위암의 90% (37/41)에서 positive staining
    - Diffuse type 위암의 84% (37/44)에서 positive staining
    ? diffuse type 위암의 전암병변은 intestinal metaplasia 가능성 제시
    - Intestinal type 위암 뿐만 아니라 diffuse type 위암에서도 암 주변조직에서 intestinal metaplasia 확인 및 positive staining 확인 (early detection biomarker 가능성)
    5. 조기진단 및 체액에서 Biomarker 개발을 위한 시스템 구축
    ? 전암 병변조직에서의 임상검증을 위한 LMPC 시스템 구축
    ? 환자 및 건강대조군 plasma DNA에서의 epigenetic marker detection 시스템 구축
    6. 위암의 Tissue Banking 및 활용시스템 구축
    ? 812명 환자의 위암-정상 조직 tissue banking
    ? 251명 위암 환자의 blood DNA 및 plasma banking
    ? 364명 건강대조군의 blood DNA 및 plasma banking


  • 목차(Contents) 

    1. 표지...1
    2. 제출문 ...2
    3. 보고서 초록 ...3
    4. 요 약 문 ...5
    5. Summary ...10
    6. Contents ...12
    7. 목 차 ...13
    8. 제1장 연구개발과제의 개요 ...14
    9. 제1절 연구개발의 목적 ...14
    10. 제2절 연구개발...
    1. 표지...1
    2. 제출문 ...2
    3. 보고서 초록 ...3
    4. 요 약 문 ...5
    5. Summary ...10
    6. Contents ...12
    7. 목 차 ...13
    8. 제1장 연구개발과제의 개요 ...14
    9. 제1절 연구개발의 목적 ...14
    10. 제2절 연구개발의 필요성 ...14
    11. 제3절 연구개발 범위 ...15
    12. 제2장 국내외 기술개발 현황 ...16
    13. 제1절 해외 기술개발 현황 ...16
    14. 제2절 국내 기술개발 현황 ...18
    15. 제3장 연구개발 수행내용 및 결과 ...20
    16. 제1절 연구내용 ...20
    17. 제2절 연구결과 ...25
    18. 제4장 목표달성도 및 관련분야에의 기여도 ...42
    19. 제1절 연구개발목표의 달성도 ...42
    20. 제2절 관련분야 기술발전 기여도 ...43
    21. 제5장 연구개발결과의 활용계획 ...44
    22. 제1절 추가연구의 필요성 ...44
    23. 제2절 타 연구에의 응용 ...44
    24. 제6장 연구개발과정에서 수집한 해외과학기술정보 ...46
    25. 제1절 Cancer Genome Project ...46
    26. 제2절 Methylome analysis: 암특이 epigenetic change 발굴, 진단 및 맞춤치료 기술에의 응용 ...46
    27. 제3절 Cancer Genome Project: 암 특이 돌연변이 발굴 및 맞춤의학에의 응용 ...48
    28. 제4절 Copy-number change analysis: 암 특이 genetic change 발굴 및 진단기술에의 응용 ...51
    29. 제5절 SNP을 이용한 Cancer-associated 표지자 발굴 ...53
    30. 제6절 Biomarker project ...55
    31. 제7장 참고문헌 ...59
  • 참고문헌

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