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보고서 상세정보

통합 독성 유전체 데이터베이스 구축 및 분석 시스템 개발

  • 사업명

    안전성관리기반연구

  • 과제명

    통합 독성 유전체 데이터베이스 구축 및 분석 시스템 개발

  • 주관연구기관

    이즈텍(주)

  • 연구책임자

    김양석

  • 참여연구자

    엄찬휘   황성훈   노광윤   류호태   유지영   이혜숙   안지현   이광희   김대관   서화정   김혜경   ...  

  • 보고서유형

    최종보고서

  • 발행국가

    대한민국

  • 언어

    한국어

  • 발행년월

    2007-11

  • 과제시작년도

    2007

  • 주관부처

    식품의약품안전청

  • 사업 관리 기관

    식품의약품안전청
    Korea Food & Drug Administration

  • 등록번호

    TRKO201000014957

  • 과제고유번호

    1475003190

  • 키워드

    독성유전체.마이크로어레이.데이터베이스 표준화.군집.분류.표준화.주석.Toxicogenomics.Microarray.database.standardization.clustering.classification.normalization.annotation.

  • DB 구축일자

    2013-04-18

  • 초록 


    ...


    1. 전처리(preprocessing) 통합 모듈 개발
    probe-type oligo chip, cDNA chip 등의 데이터등을 전처리 할 수 있도록 구현 하였음
    2. 업로드(upload) 세부 모듈 개발
    ?? 업...

    1. 전처리(preprocessing) 통합 모듈 개발
    probe-type oligo chip, cDNA chip 등의 데이터등을 전처리 할 수 있도록 구현 하였음
    2. 업로드(upload) 세부 모듈 개발
    ?? 업로드 모듈은 다음의 p1. 전처리(preprocessing) 통합 모듈 개발
    probe-type oligo chip, cDNA chip 등의 데이터등을 전처리 할 수 있도록 구현 하였음
    2. 업로드(upload) 세부 모듈 개발
    ?? 업로드 모듈은 다음의 platform 을 지원할 수 있도록 구현하였음.latform 을 지원할 수 있도록 구현하였음.
    ?? 각 chip의 데이터 처리 로직은 chip의 특성에 따라 차이가 있으나 크게 상용chip과 customized chip으로 나누어 로직을 구성할 수 있음.
    ?? 상용 chip의 경우 제조사에 따라 chip의 데이터 구조 및 처리 형태가 틀려, 각 각의 chip에 맞는 로직들을 독립적으로 제작하였음.
    3. 정규화 (normalization) 세부 모듈 개발
    ?? 업로드 모듈을 통하여 입력된 microarray 데이터는 그 특성에 따라 LOWESS, Quantile, MAS5, Plier등의 정규화(normalization)과정을 거쳐서 분석이 가능한 형태로 전환되어 입력 되도록 구현하였음.
    ?? 적용 정규화 방법으로는 아래와 같음.
    4. MIAME/TOX 기반의 데이터 베이스 설계 구현
    ?? - MIAME(Minimum information about a microarray expreiment)는 Microarray실험에 수록되어야 할 데이터의 종류와 최소한의 필수적인 내용을 정의한 것으로 MGED(Microarray Gene Expression Experiment) society에서 정의한 것임.
    ?? MIAME의 정의를 충실히 따르게 되면 MIAME에서 제시하는 정보를 관리할 수 있는 MAGE-OM(Microarray Gene Expression - Object Model)을 이용하여 데이터를 관리할 수 있음.
    ?? 이로부터 MAGE-ML(MAGE-Markup Language)로 변환하여 ArrayExpress나 SMD등의 공개용 데이터베이스나 MIAME을 지원하는 다양한 데이터베이스들과 호환가능 하도록 구현 하였음
    ?? 위에서 언급한 바와 같이 여러 형태의 칩 데이터 포맷을 저장하고, MIAME 의 표준화된 형태로 데이터를 활용할 수 있는 데이터베이스를 구축하기 위한 데이터베이스의 설계 및 구현 작업을 수행하였음.


  • 목차(Contents) 

    1. 제 출 문 ... 1
    2. 목 차 ... 2
    3. 당해년도 연구개발사업 실적 ... 3
    4. 1. 연구개발과제의 최종 연구개발목표와 당해년도 연구개발목표 ... 3
    5. 2. 연구개발과제의 당해년도 연구개발내용 ... 4
    6. 3. 연구개발과제의 당해년도 연구성과 ... 9
    7. 4. 연구수행...
    1. 제 출 문 ... 1
    2. 목 차 ... 2
    3. 당해년도 연구개발사업 실적 ... 3
    4. 1. 연구개발과제의 최종 연구개발목표와 당해년도 연구개발목표 ... 3
    5. 2. 연구개발과제의 당해년도 연구개발내용 ... 4
    6. 3. 연구개발과제의 당해년도 연구성과 ... 9
    7. 4. 연구수행에 따른 문제점 및 대책 ... 10
    8. 5. 실적요약문 ... 11
    9. 차년도 연구개발사업 계획 ... 15
    10. <총괄연구과제> ... 16
    11. 1. 요약문 ... 16
    12. 2. 연구개발비 총괄표 ... 17
    13. 3. 연구책임자 인적사항 및 연구개발실적 (변경된 경우만 작성) ... 22
    14. 4. 참여연구원 편성표 ... 26
    15. 5. 총괄연구과제의 차년도 연구개발목표 ... 29
    16. 6. 총괄연구과제의 차년도 연구개발계획 ... 29
    17. 7. 연차별 연구수행일정 ... 36
    18. 8. 첨부서류 ... 36
  • 참고문헌

    1. 전체(0)
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    3. 특허(0)
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