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보고서 상세정보

위암의 핵산 바이오마커를 이용한 진단기술개발
Early detection of gastric cancer using DNA biomarker

  • 과제명

    위암의 핵산 바이오마커를 이용한 진단기술개발

  • 주관연구기관

    한국생명공학연구원
    Korea Research Institute of Bioscience and Biotechnology

  • 보고서유형

    최종보고서

  • 발행국가

    대한민국

  • 언어

    한국어

  • 발행년월

    2010-05

  • 과제시작년도

    2009

  • 주관부처

    교육과학기술부

  • 사업 관리 기관

    한국연구재단
    National Research Foundation of Korea

  • 등록번호

    TRKO201000015240

  • 과제고유번호

    1345097932

  • 키워드

    위암,메칠바이오마커,혈장,혈청,메칠DNA면역침강법,차세대염기서열결정gastric cancer,methyl-biomarker,plasma,serum,circulating DNA,MeDIP-chip,MeDIP-seq

  • DB 구축일자

    2013-04-18

  • 초록 


    Using the restriction landmark genomic scanning and pyrosequencing techniques, we found that the the CpG sites in promoter region...

    Using the restriction landmark genomic scanning and pyrosequencing techniques, we found that the the CpG sites in promoter regions of LIMS2, DCBLD2, PKD1, TCF4, LRRC3B, POPDC3, and POPDCl were aberrantly methylated in gastric cancer. Gastric cancer cell lines displayed epigenetic silencing of these genes, but treatment with 5-AZA and/or TSA increased their expression in gastric cancer cell lines. Real-time RT-PCR and pyrosequencing analysis showed that their expressions were reduced in ranges of 50%-90% of gastric tumors compared with normal adjacent tissues. Ectopic expression of most genes in gastric cancer cell lines markedly inhibited anchorage-dependent and anchorage-independent colony formation, or their expression suppressed cell growth or tumorigenesis in nude mice. CpG methylation in TCF4 or PKD1 genes markedly increased with patient age among normal appearing tissues, suggesting that CpG methylation in gastric mucosa may be one of the earliest events in carcinogenesis of gastric cancers. Our results indicate that the epigenetic controlled genes in this study plays a role in tumor formation and progression.
    We also established an accurate 하ld reproducible technique to allow the quantification of circulating DNA in human blood using Alu-sequence based qPCR. The result demonstrates that the range of serum DNA concentrations are much more fluctuated among gastric cancer patients compared to those of paired plasma DNA, thus indicating that quantification of circulating plasma DNA can be standardized and has the potential to complement current diagnostic procedures for the management of gastric cancer patients. With plasma DNA quantitated by Alu-qPCR, a panel test to detect gastric cancer using four methy-biomarkers showed 92.4% sensitivity and 61.5% specificity in 40 patients and health controls.


    위암시료를 이용한 임상시료 검증 시스템을 활용하여 15종의 신규 메칠화 바이오마커를 동정하고 이들에 대한 세포내 기능 및 암형성 연관성 검증을 통해 LIMS2, DCBLD2, PKDl, TCF4, LRRC3B, POPDC3, POP...

    위암시료를 이용한 임상시료 검증 시스템을 활용하여 15종의 신규 메칠화 바이오마커를 동정하고 이들에 대한 세포내 기능 및 암형성 연관성 검증을 통해 LIMS2, DCBLD2, PKDl, TCF4, LRRC3B, POPDC3, POPDCl 등의 유전자들에 대한 암형성에 관여하고 있음을 밝혔으며, 또한 이들 중 미세절제를 통한 전암성병변세포의 분리 및 메칠화의 검증을 통해 TCF4 및 PKDl 등은 위암발생 초기단계로부터 점진적으로 메칠화 변화가 나타남을 입증하였다. 한편 혈청과 혈장 DNA 분리 및 Alu-qPCR을 이용한 DNA 정량화 등에 대한 프로토콜을 독자적으로 확립하고 혈장 DNA 농도가 암환자 진단에 활용할 수 있음을 제시하였으며, 4종의 암환자 특이적인 메칠바이오마커를 이용하여 92.4% 민감도 또는 61.5% 특이도로 위암진단 유효성을 평가하였다. MeDIP 방법 에 기 반한 MeDIP-chip 및 MeDIP-seq 파이프라인을 구축하여 위암환자군 특이 메칠 DNA 동정에 적용하였으며 MeDIP-chip을 이용하여 발굴된 환자군 특이 메칠 DNA의 경우에는 민감도 및 재현성 등이 낮은 문제를 발견하였으나, MeDIP-seq(MeMAC, MeDIP-based Methylome Analysis of Circulating DNA)의 경우, 효율적으로 다수의 DMR을 동정하였으며 환자군 특이 DMR의 1차, 2차 검증을 통해 유력한 진단용 메칠 바이오마커로서의 개발 가능성을 제시하였다.


  • 목차(Contents) 

    1. 표지 ... 1
    2. 제출문 ... 4
    3. 보고서 초록 ... 6
    4. 요약문 ... 8
    5. SUMMARY ... 14
    6. CONTENTS ... 16
    7. 목차 ... 18
    8. 제1장 연구개발과제의 개요 ... 22
    9. 제2장 국내외 기술개발 현황 ... 26...
    1. 표지 ... 1
    2. 제출문 ... 4
    3. 보고서 초록 ... 6
    4. 요약문 ... 8
    5. SUMMARY ... 14
    6. CONTENTS ... 16
    7. 목차 ... 18
    8. 제1장 연구개발과제의 개요 ... 22
    9. 제2장 국내외 기술개발 현황 ... 26
    10. 제1절 해외의 경우 ... 26
    11. 제2절 국내의 경우 ... 28
    12. 제3절 국내외 기술개발현황에서 본 연구의 중요성 ... 30
    13. 제3장 연구개발수행 내용 및 결과 ... 32
    14. 제1절 연구개발 수행내용 ... 32
    15. 제2절 연구결과 ... 38
    16. 제3절 연구성과 ... 54
    17. 제4장 목표달성도 및 관련분야에의 기여도 ... 60
    18. 제1절 연차별 연구목표 ... 60
    19. 제2절 연구목표 요약 ... 68
    20. 제5장 연구개발결과의 활용계획 ... 74
    21. 제6장 연구개발과정에서 수집한 해외과학기술정보 ... 78
    22. 제1절 국제 수헝유전체 컨소시엄의 결성 ... 78
    23. 제7장 참고문헌 ... 90
    24. 끝페이지 ... 94
  • 참고문헌

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