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보고서 상세정보

인간 인두유종바이러스 (HPV) 진단용 DNA 칩의 성능 및 유효성 평가를 위한 표준품 제조
Production of standard products for evaluation of performance and efficacy of human papillomavirus diagnostic DNA chip

  • 사업명

    의약품안전연구개발

  • 과제명

    인간 인두유종바이러스(HPV) 진단용 DNA 칩의 성능 및 유효성 평가를 위한 표준품 제조

  • 주관연구기관

    지노믹트리(주)
    GenomicTree.Inc

  • 연구책임자

    오태정

  • 보고서유형

    최종보고서

  • 발행국가

    대한민국

  • 언어

    한국어

  • 발행년월

    2007-06

  • 과제시작년도

    2006

  • 주관부처

    식품의약품안전청

  • 사업 관리 기관

    식품의약품안전청
    Korea Food & Drug Administration

  • 등록번호

    TRKO201000015963

  • 과제고유번호

    1470001853

  • 키워드

    표준품.인두유종바이러스.L1 유전자.DNA 칩.유전형진단.standard.Human papillomavirus.L1 gene.DNA chip.genotyping.

  • DB 구축일자

    2013-04-18

  • 초록 


    The goal of this study is to produce the reference material of human papillomavirus (HPV) L1 DNA for evaluating the performance a...

    The goal of this study is to produce the reference material of human papillomavirus (HPV) L1 DNA for evaluating the performance and efficacy of HPV diagnostic DNA chip. The standard products are consist of ca. 450 bp PCR amplicons produced by MY11-MY09 PCR, widely used for HPV detection. First, PCR products generated from MY11-MY09 PCR are cloned to TOPO pCR2.1 vector from Korean women cervical samples after identifying HPV genotypes by HPV DNA chip. To confirm HPV genotype, DNA sequence analysis was performed and finally identified genotype by BLAST search. If HPV genotypes were not assured from Korean clinical samples, the plasmid clones were constructed by gene synthesis method. For gene synthesis, DNA sequences were obtained from GenBank database, directly synthesized nucleotide and cloned into TOPO pCR2.1 vector. Overall, we produced HPV clones for 22 genotypes from clinical samples, while 19 genotypes were prepared through gene synthesis. For genotypes isolated from Korean women, DNA sequences were compared with GenBank database and confirmed homology over 99%. Recombinant E. coli strains (1 ml stock) harboring plasmid clones containing about 450 bp HPV L1 DNA, plasmid clones (5 ug; 100 ng/ul) containing about 450 bp L1 gene and standard product with size of about 700 bp PCR products were produced from HPV L1 plasmid clones by GT1-GT2 PCR. The concentration of PCR products were adjusted to 1 ng/ul (50 ul) and dispensed 100 sets with individual tubes. In addition, PCR products corresponding to 400 sets were prepared as 4 sets with 15ml tubes. Using HPV L1 DNA standard products, we examined the performance of KFDA approved HPV DNA chip. PCR products from 24 out of 41 HPV L1DNA HPV L1 showed type-specific hybridization signals without any cross reactivity. In addition 17 genotypes not printed on HPV chip showed no hybridization signals. Thus, the results indicate that KFDA-approved HPV DNA chip is a useful for HPV diagnosis. In conclusion, standard products of HPV L1DNA produced in this study were successfully utilized for evaluating performance of HPV DNA chip.


    본 연구의 목표는 인간 인두유종 바이러스 (HPV) 유전자형 진단용 DNA 칩의 유효성 및 성능 평가를 위한 41종에 해당하는 유전자형의 표준품을 제조하는 것이다. 표준품은 현재 HPV 유전자형 진단을 위하여 가장 일반적으로 사용되...

    본 연구의 목표는 인간 인두유종 바이러스 (HPV) 유전자형 진단용 DNA 칩의 유효성 및 성능 평가를 위한 41종에 해당하는 유전자형의 표준품을 제조하는 것이다. 표준품은 현재 HPV 유전자형 진단을 위하여 가장 일반적으로 사용되고 있는 L1 유전자내의 MY11과 MY09 primer를 이용하여 증폭되는 약 450 bp에 해당되는 부위를 제작하였다. 1차적으로 한국인 여성의 자궁경부 임상검체로부터 HPV 진단용 DNA칩을 이용하여 유전자형을 확인한 후 MY11과 MY09 primer를 이용하여 증폭되는 PCR 산물을 TOPO pCR2.1 벡터에 클로닝 하였다. 클로닝된 HPV L1 유전자 부위의 확인은 DNA 염기서열 분석을 하고, NCBI BLAST search를 통하여 최종 유전자형을 확인하였다. 임상시료로부터 확보가 불가능한 유전자형에 대해서는 GenBank database에 등록되어 있는 염기서열을 이용하여 유전자 합성 방법을 통하여 제조하였다. 한국인 여성 임상검체로부터 22종의 유전자형에 대한 plasmid 클론을 제조하였고, 유전자 합성방법으로 19종의 HPV L1 plasmid 클론을 제조하였다. 한국인 여성으로부터 제조된 plasmid 클론의 염기서열을 GenBank database와 비교한 결과, 99% 이상 염기서열이 일치하는 것을 확인하였다. 41종의 HPV L1 유전자 제조를 위한 플라스미드 클론을 함유하는 재조합대장균주, 플라스미드 클론 그리고 플라스미드 클론으로부터 PCR 방법으로 증폭된 약 450 bp에 해당하는 L1 유전자 표준품들을 제조하였다. 재조합 대장균주는 1 ml, 플라스미드 클론은 5 ug (100 ng/ul)을 제조 하였다. PCR 산물은 1 ng/ul (50 ul) 농도로 하여 100 sets분을 개별 제조하였고, 또한 추가로 400 sets분에 해당하는 PCR 산물을 4개의 sets로 제조하였다. HPV L1DNA 표준품을 이용하여 국내 식약청 허가 HPV DNA 칩을 이용하여 진단성능을 조사하였다. 총 41종을 대상으로 HPV chip kit 성능조사 시험을 수행한 결과, chip상에 집적된 24종에 대하여 type-specific hybridization이 관찰되었고, chip 상에 집적되지 않은 17종의 유전형에 대해서는 hybridization signal이 검출되지 않았다. 따라서 국내 허가 HPV chip의 HPV 유전형 진단목적으로의 사용에는 문제점이 없는 것으로 판단된다. 본 연구에서 개발된 HPV L1 DNA 표준품은 HPV DNA 칩의 진단성능 및 유효성 평가를 위한 지표로 활용될 수 있을 것으로 판단된다.


  • 목차(Contents) 

    1. 연구결과보고서 ...1
    2. 표지 ...2
    3. 제출문 ...4
    4. 목차 ...5
    5. I. 연구개발결과 요약문 ...6
    6. 한글요약문 ...6
    7. 영문요약문 ...7
    8. II. 총괄연구개발과제 연구결과 ...8
    9. 제1장 총괄연구개발과제의 최종 연구개발 목표 ...8...
    1. 연구결과보고서 ...1
    2. 표지 ...2
    3. 제출문 ...4
    4. 목차 ...5
    5. I. 연구개발결과 요약문 ...6
    6. 한글요약문 ...6
    7. 영문요약문 ...7
    8. II. 총괄연구개발과제 연구결과 ...8
    9. 제1장 총괄연구개발과제의 최종 연구개발 목표 ...8
    10. 제1절 총괄연구개발과제의 목표 ...8
    11. 제2절 총괄연구개발과제의 목표달성도 ...10
    12. 제3절 국내.외 기술개발 현황 ...11
    13. 제2장 총괄연구개발과제의 최종 연구개발 내용 및 방법 ...13
    14. 제1절 연구개발 내용 ...13
    15. 제2절 연구방법 ...16
    16. 제3장 총괄연구개발과제의 최종 연구개발 결과 ...20
    17. 제4장 총괄연구개발과제의 연구결과 고찰 및 결론 ...70
    18. 제5장 추가연구 계획 ...74
    19. 제6장 총괄연구개발과제의 연구성과 ...75
    20. 제7장 참고문헌 ...77
    21. 제8장 첨부서류 ...78
  • 참고문헌

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