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보고서 상세정보

야생 자원동물의 유전자(체) 다양성 연구
Genetic diversity studies of useful wildlife resources

  • 사업명

    생물자원발굴및분류연구

  • 과제명

    야생 자원동물의 유전자(체) 다양성 연구_1년차

  • 주관연구기관

    순천향대학교
    SoonChunHyang University

  • 보고서유형

    최종보고서

  • 발행국가

    대한민국

  • 언어

    한국어

  • 발행년월

    2015-11

  • 과제시작년도

    2015

  • 주관부처

    환경부
    Ministry of Environment

  • 등록번호

    TRKO201600000868

  • 과제고유번호

    1485013460

  • DB 구축일자

    2016-05-07

  • DOI

    https://doi.org/10.23000/TRKO201600000868

  • 초록 


    5. Results
    A. Genome survey of useful wildlife resources, including invertebrates
    Analysis of 15 species includes 7 arthrop...

    5. Results
    A. Genome survey of useful wildlife resources, including invertebrates
    Analysis of 15 species includes 7 arthropods and 8 mollusks. Quality of DNA and RNA from the 15 species was suitable for sequencing, and sequencing data was more than 30 Gb (RNAseq 7Gb), and 80% of the sequence data after triming was good. Although there was slight difference in coverage, mitochondrial mapping was sufficiently. After conducting assembly with SOAP De Novo program, a number of contigs and scaffolds were generated, Markers and primers were also developed and designed with SSR analysis, respectively.
    B. Comparative genome analysis of Lepidopteran resources
    Genomic DNA was extracted from 29 Spindasis takanonis specimens. 300 bp paired-end and 5 kb mate pair NGS sequence library was constructed using extracted genomic DNA. NGS library was sequenced on Illumina HiSeq 2500 platform. Sequencing data generated 33,949,672 bp and 33,894,817,250 bp, respectively. Secured sequences were assembled using PLATANUS program that produced 92,078 (1>kb) scaffold. The largest scaffold was 433,797 bp, N50 scaffold was 40,286 bp. In order to build the physical map, extracted genomic DNA was used to make 164,000 (average size : 36,000 bp, full size : 5.9 Gbp) fosmid library clones. 3 dimensional pool library was constructed using 30,720 fosmid clones picked from the constructed library, and that secured end-sequences of 7,680 clone (4Gb) using the IonS5_XL NGS sequencer. Finally, super-scaffold map was constructed through the scaffold mapping using end-sequences.


    5. 연구결과
    가. 멸종위기종, 한반도 고유종 등 자생 동물자원의 Genome survey
    분석이 이루어진 15종은 절지동물 7종 및 연체동물 8종이었다. QC 결과 15종의 경우 DNA/RNA 모두 농도 및 총량 통과되...

    5. 연구결과
    가. 멸종위기종, 한반도 고유종 등 자생 동물자원의 Genome survey
    분석이 이루어진 15종은 절지동물 7종 및 연체동물 8종이었다. QC 결과 15종의 경우 DNA/RNA 모두 농도 및 총량 통과되었으며 데이터 생산량 또한 30Gb (RNAseq 7 Gb) 이상이며 trim 결과 80% 의 데이터 생산량 또한 모두 성공하였다. Mitochondrial Map의 경우 coverage는 조금씩 차이는 있었지만 대부분 고밀도로 완성도가 높게 구성되었다. Soap De Novo 및 Trinity 를 활용한 assembly 결과 다수의 contig 및 scaffold가 제작 되었고 SSR 분석 후 마커개발을 하였으며 이에 따른 primer도 대량으로 제작하였다.
    나. 나비목 자원동물의 비교유전체 분석
    29개체의 쌍고리부전나비로부터 genomic DNA를 추출하였다. 추출한 genomic DNA를 이용하여 300bp paired end 및 5kb mate pair를 위한 NGS sequence library를 제작한 후, HiSeq 2500 sequencer로 33,949,672bp 및 33,894,817,250bp의 DNA 염기서열을 확보하였다. 확보한 sequence를 PLATANUS 프로그램으로 assembly를 실시하여 92,078개 (>1kb)의 scaffold를 확보하였으며, 최대 scaffold size는 433,797bp, N50 scaffold는 40,286bp였다. 또한 physical map을 작성하기위해 추출한 genomic DNA를 이용하여 164,000개(평균크기 : 36,000bp, 전체크기: 5.9Gbp))의 Fosmid library를 제작하였다. 제작한 library로 30,720개의 fosmid 클론을 picking하여 3차원 pool 라이브러리를 제작 한 후, IonS5_XL NGS sequencer로 7,680개 클론의 말단염기서열 (4G)을 확보하였다. 말단 염기서열을 이용하여 scaffold를 mapping하여 super-scaffold map을 구축하였다.


  • 목차(Contents) 

    1. 표지 ... 1
    2. 제출문 ... 2
    3. 요약문 ... 3
    4. Abstract ... 6
    5. 목차 ... 9
    6. 표목차 ... 11
    7. 그림목차 ... 12
    8. I. 서론 ... 13
    9. 1. 연구사업의 배경 및 목적 ... 13
    10. 가. 생물자원의 필요성...
    1. 표지 ... 1
    2. 제출문 ... 2
    3. 요약문 ... 3
    4. Abstract ... 6
    5. 목차 ... 9
    6. 표목차 ... 11
    7. 그림목차 ... 12
    8. I. 서론 ... 13
    9. 1. 연구사업의 배경 및 목적 ... 13
    10. 가. 생물자원의 필요성 ... 13
    11. 나. NGS (Next Generation Sequencing methods)의 비약적인 발달로 인한 생명과학 분야의 패러다임 변화 ... 15
    12. 다. 우리나라 생물자원의 현황 ... 24
    13. 라. 나비목 유전체 연구의 필요성 ... 26
    14. Ⅱ. 연구내용 및 방법 ... 31
    15. 1. 과업의 범위 ... 31
    16. 가. 다용도 자원동물(무척추동물)의 Genome survey ... 31
    17. 나. 나비목 자원동물의 비교유전체 분석으로 자생 생물의 유전적 특이성 규명 ... 32
    18. 2. 연구추진체계 및 연구진 구성 ... 33
    19. 가. 연구 추진체계 ... 33
    20. 나. 연구진 구성 ... 34
    21. 3. 조사 및 분석방법 ... 37
    22. 가. 다용도 자원동물(무척추동물)의 Genome survey ... 37
    23. 나. 나비목 자원동물의 비교유전체 분석으로 자생 생물의 유전적 특이성 규명 ... 38
    24. Ⅲ. 결과 및 고찰 ... 39
    25. 1. 다용도 자원동물(무척추동물)의 Genome survey ... 39
    26. 가. 표본 확보 ... 39
    27. 나. 결과 및 고찰 ... 46
    28. 2. 나비목 자원동물의 비교유전체 분석으로 자생 생물의 유전적 특이성 규명 ... 267
    29. 가. 연구방법 ... 267
    30. 나. 결과 ... 273
    31. Ⅳ. 결 론 ... 276
    32. 제 1장 야생 자원동물의 유전자(체) 다양성 연구 사업의 결과 ... 276
    33. 1. 다용도 자원동물(무척추동물)의 Genome survey ... 276
    34. 2. 나비목 자원동물의 비교유전체 분석으로 자생 생물의 유전적 특이성 규명 ... 279
    35. 제 2장 연구 성과 ... 284
    36. 1. 논문 ... 284
    37. 2. 학술대회 발표자료 ... 290
    38. Ⅴ. 기대성과 및 향후계획 ... 294
    39. Ⅵ. 참고문헌 ... 295
    40. 끝페이지 ... 301
  • 참고문헌

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