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보고서 상세정보

NGS를 활용한 천식 환자의 스테로이드 흡입치료 반응 예측 표지자 개발
Development of marker for prediction of inhaled steroid response in asthma using NGS technology

  • 과제명

    NGS를 활용한 천식 환자의 스테로이드 흡입치료 반응 예측 표지자 개발

  • 주관연구기관

    (주)에스엔피제네틱스

  • 연구책임자

    박병래

  • 보고서유형

    최종보고서

  • 발행국가

    대한민국

  • 언어

    한국어

  • 발행년월

    2015-08

  • 과제시작년도

    2015

  • 주관부처

    미래창조과학부
    KA

  • 사업 관리 기관

    한국연구재단

  • 등록번호

    TRKO201600001231

  • 과제고유번호

    1345236046

  • 키워드

    난치천식,스테로이드,약물반응,엑솜칩분석,차세대염기서열분석,진단표지자refractory asthma,Steroid,Drug response,ExomeChip analysis,NGS,Genetic marker

  • DB 구축일자

    2016-05-14

  • 초록 


    Purpose& contents
    The goal of the present study is to use new technology, such as next generation sequencing, to examine the g...

    Purpose& contents
    The goal of the present study is to use new technology, such as next generation sequencing, to examine the genomic variations associated with the steroid response in a Korean refractory asthmatic patients.
    Furthermore, by applying epigenomic method on disease-associated genetic region will be conducted in SNP analysis to investigate the association between steroid response and genomic variations. High-throughput microarray system will be utilized to collect a large amount of data, and statistical analysis will be conducted to discover disease-associated SNP markers.

    Result
    Total 274 samples, who measured the reactivity of steroid drug, were received from the Human Resources Bank of Soonchunhyang Bucheon hospital, the DNAs were extracted. Among extracted DNAs, 257 DNA samples were selected for further study.
    Infinium Human Exome-12 beadchips, which was organized with 242,486 loci, were used for SNP screening, and a total of 62,318,902 genotype data were obtained.
    Using statistical methods, such as logistic regression analysis and linear regression analysis, we analyzed the risk of steroid response and the delta of FEV1, and we found the several genomic regions. Among them, OR3A3 and SCARA5 genes were selected for further NGS and fine-mapping studies.

    Expected Contribution
    Genotype data related to reactivity of steroidal drugs could be very useful for the diagnosis of steroid response and personalized medicine.
    The results are unique for Korean population and of superior quality when compared with the study results using foreign populations, which will be used for practical foundation technology.
    Consequently, the results will provide a foundation for the disease prevention, prescription of personalized medicine, commercialization of novel drugs, and other possibilities.


    연구의 목적 및 내용
    차세대 염기서열 분석 기술 등을 활용하여 천식의 흡입 스테로이드 약제에 대한 약물유전체 연구를 수행하고 이를 통해 약물반응 contents를 발굴함 생물정보학적 통합분석을 시행하여 흡입 스테로이드 약제 반...

    연구의 목적 및 내용
    차세대 염기서열 분석 기술 등을 활용하여 천식의 흡입 스테로이드 약제에 대한 약물유전체 연구를 수행하고 이를 통해 약물반응 contents를 발굴함 생물정보학적 통합분석을 시행하여 흡입 스테로이드 약제 반응 마커를 확립하고 약물 반응도 측정 기술을 개발함
    이를 위해, 스테로이드 약물반응 시료의 Whole ExomeChip analysis 및 기 보고된 문헌 고찰을 통한 후보 유전자 발굴, Target Gene Sequencing Exomechp association analysis를 수행하여 약물반응 표지자를 발굴함

    연구결과
    순천향대학교 부천병원 인체자원은행으로부터 스테로이드 약물 반응성을 측정한 환자 274명의 시료를 분양받아 DNA를 추출하였으며, 추출 결과에 따라 총 257개 시료를 선별하여 이후 실험에 사용하였음. Infinium Human Exome-12 beadchip의 242,486 SNP를 선별된 257 시료에서 genotyping을 수행하여 총 62,318,902 genotype data 를 확보하였음. 로지스틱 회기분석 및 선형회기분석 등의 기법을 이용하여, 스테로이드 반응 유무, 스테로이드 처방 후 기도확장 정도 등에 대한 통계분석을 수행하여, 연관 유전 좌위를 확인하였음. 확인된 유전좌위를 토대로 OR3A3, SCARA5 등의 유전자를 최종 후보유전자로 선별하였음

    연구결과의 활용계획
    본 과제를 통해 확보된 스테로이드계 약물 반응성 관련 엑솜 내 단염기변이의 유전형자료는 향후 약물반응 진단을 위한 유전적 표지자 개발에 기반 자료로 활용될 수 있음.또한 반응도에 따른 환자별 맞춤처방 및 대체 약물 처방 등 환자의 치료에 실질적으로 기여할 것임
    한국인 특이적 결과로서 기존에 보고된 외국 인종을 대상으로 한 연구결과와는 질적으로 차별되며 한국인 질환 관련성 연구에 실질적 기반 기술로서 이용될 것임.


  • 목차(Contents) 

    1. 표지 ... 1
    2. 일반연구자지원사업 최종보고서 양식 ... 2
    3. 목차 ... 3
    4. 연구 계획 요약문 ... 4
    5. 연구 결과 요약문 ... 5
    6. 한글요약문 ... 5
    7. SUMMARY ... 6
    8. 연구내용 및 결과 ... 7
    9. 1. 연구개발과제의 개요 .....
    1. 표지 ... 1
    2. 일반연구자지원사업 최종보고서 양식 ... 2
    3. 목차 ... 3
    4. 연구 계획 요약문 ... 4
    5. 연구 결과 요약문 ... 5
    6. 한글요약문 ... 5
    7. SUMMARY ... 6
    8. 연구내용 및 결과 ... 7
    9. 1. 연구개발과제의 개요 ... 7
    10. 2. 국내외 기술개발 현황 ... 11
    11. 3. 연구수행 내용 및 결과 ... 12
    12. 4. 목표 달성도 및 관련 분야에의 기여도 ... 25
    13. 5. 연구결과의 활용계획 ... 25
    14. 6. 연구과정에서 수집한 해외과학기술정보 ... 26
    15. 7. 주관연구책임자 대표적 연구 실적 ... 26
    16. 8. 참고문헌 ... 27
    17. 9. 연구성과 ... 27
    18. 10. 기타사항(중요 연구 변경사항 등) ... 31
    19. 끝페이지 ... 31
  • 참고문헌

    1. 전체(0)
    2. 논문(0)
    3. 특허(0)
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